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蛋白质组学技术服务

  • 产品简述:
  • 其他名称: 蛋白质;组学
  • 商品品牌:青莲百奥
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 蛋白质非标记定量技术(label-free)是通过液质联用技术对蛋白质酶解肽段进行质谱分析,无需使用昂贵的稳定同位素标签做内部标准,只需分析大规模鉴定蛋白质时所产生的质谱数据,比较不同样品中相应肽段的信号强度,从而对肽段对应的蛋白质进行相对定量。Label-free的技术优势就在于蛋白质不需要进行标记,所需样品总量少,耗费低。

技术原理

 非标记定量蛋白质组学近年来成为重要的质谱定量方法,按照其原理分,主要有两种。其中spectrum counts类的非标记定量方法,发展比较早,也形成了多种算法进行定量,但是主要的原理都是根据MS2的鉴定结果作为定量的基础,各种方法的差别在于后期算法在大规模数据上的修正。第二种非标记定量方法的原理是以MS1为基础,计算每个肽段信号在LCMS质谱上的积分,这个也是本公司所采用的Maxquant算法的原理。


iTRAQ技术是由美国应用生物系统公司(Applied Biosystems Incorporation,ABI)2004年开发的同重标签标记的相对和绝对定量(isobaric tags for relative and absolute quantitation,iTRAQ)技术。

 iTRAQ试剂是可与氨基(包括氨基酸N端及赖氨酸侧链氨基)连接的胺标记同重元素。在一级质谱图中,任何一种iTRAQ试剂标记不同样本中的同一蛋白质表现为相同的质荷比。在一级质谱中,不同来源的相同肽段表现为一个峰;在二级质谱中,iTRAQ试剂中的平衡基团发生中性丢失,信号离子表现为不同质荷比(114~121)的峰,因此根据波峰的高度及面积,可以得到同一蛋白在不同样本中的表达差异;同时,肽段的MS/MS结果结合数据库检索可以鉴定出相应的蛋白种类。.

技术原理

报告部分共有8种:质量数分别为114~121Da,因此iTRAQ最多可同时标记8组样品(客户可按需选择标记个数)。

肽反应部分:能与肽链N端及赖氨酸侧链发生共价连接,从而将报告部分和平衡部位标记到肽段上,几乎可以标记所有蛋白质。

平衡部分:质量数分别为31~24Da,与报告部分相互配合,保证iTRAQ试剂标记的不同样本的同一肽段具有相同的质荷比。

 蛋白质磷酸化:指由蛋白质激酶催化的把ATP的磷酸基转移到底物蛋白质氨基酸残基(丝氨酸、苏氨酸、酪氨酸)上的过程,或者在信号作用下结合GTP,是生物体内一种普通的调节方式,在细胞信号转导的过程中起重要作用。

蛋白质发生磷酸化是重要的翻译后修饰,它与信号传导、细胞周期、生长发育以及癌症机理等诸多生物学问题有密切关系。研究蛋白质磷酸化对阐明蛋白质功能具有重要意义。

蛋白质磷酸化组学运用磷酸化肽特异性富集方法联合非标定量技术,对组学水平的磷酸化肽进行定性定量分析。

技术原理

本公司将磷酸化(Phospho-rylation)肽段TiO2富集技术和蛋白质非标记定量技术(label-free)相结合,实现对磷酸化蛋白质组学的定性、定量研究。其中富集手段包含了公司技术团队多年相关领域经验技术,可有效保证磷酸化肽的超高富集率。   

泛素化是指泛素(一类低分子量的蛋白质)分子在一系列特殊的酶作用下,将细胞内的蛋白质分类,从中选出靶蛋白分子,并对靶蛋白进行特异性修饰的过程。这些特殊的酶包括泛素激活酶,结合酶、连结酶和降解酶等。泛素化在蛋白质的定位、代谢、功能、调节和降解中都起着十分重要的作用。同时,它也参与了细胞周期、增殖、凋亡、分化、转移、基因表达、转录调节、信号传递、损伤修复、炎症免疫等几乎一切生命活动的调控。泛素化与肿瘤、心血管等疾病的发病密切相关。因此,作为近年来生物化学研究的一个重大成果,它已然成为研究、开发新药物的新靶点。

技术原理

 客户提供样品经Trypsin酶切,酶切产物由泛素化特异性抗体(Cell Signaling Technology 5562S)进行泛素化肽的富集,富集后由高精度质谱Fusion(Thermo Scientific)分析,分析数据由生物信息学软件(Maxquant)进行数据检索。


蛋白质的乙酰化修饰是在乙酰基转移酶的作用下,蛋白质的赖氨酸残基上添加乙酰基的过程,是细胞控制基因表达、蛋白质的活性或生理过程的一种机制。乙酰化修饰功能主要集中在对细胞染色体结构的影响以及对核内转录调控因子的激活方面 。近年来,通过高通量的蛋白质组研究和不同物种的代谢通路研究发现,在生理状况下,存在着大量非细胞核的蛋白质被乙酰化修饰,具有广泛的生物学意义:

(1)   乙酰化修饰普遍存在于人体的代谢酶之中,具有调节代谢通路及代谢酶的活性。

(2)   乙酰化对代谢的调控在生命进化过程中极为保守,广泛存在于从低等原核细胞到包括人在内的高等哺乳动物的翻译后修饰过程中。

(3)   蛋白质的乙酰化具有很高的功能特异性,与肿瘤等等疾病密切相关,这为开发代谢类疾病的药物研发提供了重要依据和全新思路。

技术原理

       样品经Trypsin酶切,酶切产物由乙酰化特异性抗体进行乙酰化肽段的富集,富集后由高精度质谱Fusion(Thermo Scientific)分析,分析数据由生物信息学软件(Maxquant)进行数据检索。

蛋白质的N-糖基化位点修饰是重要的蛋白质翻译后修饰之一,主要在复杂的多细胞或组织形成过程中起关键作用。蛋白质的N-糖基化修饰位点具有保守的氨基酸序列NX(S/T),其中X为除脯氨酸以外的其它氨基酸。


技术原理

       凝素亲和法是目前糖蛋白质组学中应用广泛的分离富集方法。凝集素(lectin)是一类糖结合蛋白质,能专一识别某一特殊结构的单糖或聚糖中特定的糖基序列而与之结合,它们与糖链可逆非共价结合,糖蛋白或糖肽被凝集素捕获之后,通常用特定的单糖通过竞争结合凝集素将糖蛋白或糖肽洗脱下来。蛋白质经过酶解后利用凝集素(lectin)富集N-糖基化肽段,然后用N-糖酰胺酶(PNGase)切除连接在天冬酰胺残基(Asn)上的糖链。该处理致使Asn分子量增加0.9890Da。最后用高精度LC-MS质谱仪检测脱糖后的肽段,并通过Maxquant软件检索数据库,确认脱糖后分子量与其理论分子量的变化以及糖基化修饰肽段的序列,从而确定该蛋白质的N-糖基化位点。N-糖基化位点确定之后,再利用label-free的原理对其进行定量分析。



 








                                                 







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